満月の夜ごとに現われる大型シャドウと戦い続ける主人公たち。
そこには、10年前に起こったある事件が関与していることがわかる。
深夜0時に訪れる“影時間”と“タルタロス”の謎。
それに立ち向かうべく、新たなるメンバーが特別課外活動部(S.E.E.S.)に加わったのだが、
ペルソナ能力を有する “ストレガ”と名乗る敵が立ちはだかり・・・・・

確執、運命、変化、破滅、償い・・・・
渦巻くすべての想いが、激突する！